فاطمی ام

بهائی به تقاضا و درخواست شاهان صفوی، شیخ الاسلام، بالاترین منصب رسمی دینی شد. این منصب مورد رضایت و علاقه او نبود و همچنان گرایش به عزلت داشت و در زهد و درویشی به سر می‌برد،حتی پیوسته سعی در کناره‌گیری و استعفا از شیخ الاسلامی داشت و به گزارش بعضی منابع برای مدتی از این مقام کناره گرفت.

بهائی گذشته از شیخ الاسلامی، منزلت و قرب خاصی در دربار صفوی داشت. وی در دانش، تقوا، کفایت و کاردانی مورد اعتماد کامل شاه عباس اول بود و پیوسته طرف مشورت او قرار می‌گرفت. به نوشته اسکندر منشی، شاه از محضر بهائی بهره می‌برد و وجود او را بسیار مغتنم می‌شمرد، تا آنجا که پس از بازگشت بهائی از سفر طولانی، به استقبال او آمد و ریاست علمای ایران را به او پیشنهاد کرد که بهائی نپذیرفت. شاه در امور شرعی خانوادگی نیز به وی رجوع می‌کرد.

بهائی اقامه نماز جمعه اصفهان را بر عهده داشت.